Ο Χριστιανισμός στο χώρο της Αιτωλοακαρνανίας διεδόθη από τον 1ο αιώνα. Γνωστό είναι ότι ο Απόστολος Παύλος πέρασε ένα χειμώνα στην κοντινή πόλη της Νικόπολης.
Από τον 9ον αιώνα μ.Χ. μέχρι και το 1833 η περιοχή της Αιτωλοακαρνανίας υπάγονταν Εκκλησιαστικώς στην Μητρόπολη Ναυπάκτου και Άρτης. Στο χώρο της Αιτωλοακαρνανίας και υπό τον Μητροπολίτη Ναυπάκτου και Άρτης υπήγοντο οι Επισκοπές: α) Αχελώου, β) Βονίτσης και γ) Αετού. Ο Μητροπολίτης Ναυπάκτου και Άρτης ήταν έξαρχος πάσης Αιτωλίας.
Το 1833 δια διατάγματος στο νομό Αιτωλ/νίας συμπεριλαμβάνεται και η Επαρχία Ναυπακτίας.
Το 1852 ονομάστηκε Αρχιεπισκοπή Αιτωλίας και Ακαρνανίας και διχοτομήθηκε στις Επισκοπές Ακαρνανίας και Αιτωλίας με έδρα το Μεσολόγγι.
Το 1899 η Αρχιεπισκοπή Ακαρνανίας υποβιβάζεται σε Επισκοπή Ακαρνανίας και Ναυπακτίας.
Το 1922 έλαβε τον τίτλο της Ιεράς Μητροπόλεως Αιτωλίας και Ακαρνανίας.
Το 1932 καταργήθηκε η Μητρόπολη Ναυπακτίας και Ευρυτανίας.
Η επαρχία Ναυπακτίας υπήχθη στην Μητρόπολη Φωκίδος και η Ευρυτανία στην Μητρόπολη Αιτωλίας και Ακαρνανίας. Αργότερα έγινε επανασύσταση της Μητρόπολης Ναυπακτίας και Ευρυτανίας. Στην Μητρόπολη Αιτωλίας και Ακαρνανίας περιέχονται οι επαρχίες Μεσολογγίου, Τριχωνίδας, Ξηρομέρου και Βάλτου. Είναι σε έκταση η μεγαλύτερη Μητρόπολη της Εκκλησίας της Ελλάδος.